parm 5NU-charges.mol2
reference 5NU-charges.mol2
parm for-charges.mol2
reference for-charges.mol2 parmindex 1
atommap 5NU-charges.mol2 for-charges.mol2 mapout atommap.dat changenames
trajin 5NU-charges.mol2
trajout 5NU.mol2 mol2
run